İkinci dünya savaşında Almanya Enigma isimli bir cihaz icat eder ve bu cihazla şifreli olarak tüm birimlerine talimat gönderip işgalde bulunduğu Avrupa’da saldırılar gerçekleştirir. İngiltere bu şifreleri çözmek için bir takım oluşturur ve bu takımın başında Alan Turing isimli bir matematikçi vardır. Alan Turing ve ekibi adına “christopher” dedikleri şifre kırıcı makineyi icat ettiklerinde dünyayı başka bir yere taşıdıklarının belki de farkında değillerdi. İcat ettikleri bu makine en basit tabirle bilgisayarın doğuşu idi. İlerleyen zamanlarda insanoğlu adına bilgisayar dediği bu makine ile makinelerin dünyasını kuracak ve makinelere kendi kendini yönetebilme kabiliyetini öğretecekti. Bunun adına da yapay zekâ diyecekti. Bir bakıma karada ve denizde kendi elleriyle yaptıkları bu icatlar ile insanoğlu kendi sonunu hazırlayacaktı. İşte Matrix’in hikayesi buradan itibaren başlıyor.
Tarihin malum olmadığı bir zaman diliminde, insanlık kendi eliyle icat ve imal ettiği yapay zekânın saldırısına uğrar. İnsanoğlu yapay zekâyı Afrika’nın ortasına sürgün ederek onları cezalandırır. Hikâye bu ya: Yapay zekâ kendini ziyadesiyle geliştirir ve İnsanoğluna rakip olacak bilinç ve bilişim seviyesine yükselir. Yapay zekâ karşısında güç yitirmeye başlayan insanoğlu, yapay zekânın güç kaynağı olan güneşi ortadan kaldırmak için bir bomba kullanır ve artık dünya karanlığa boğulur.
